اعلانات
شبكة بحوث وتقارير ومعلومات

اخر المشاهدات
الأكثر مشاهدة
اهم الروابط

شبكة بحوث وتقارير ومعلومات

موقع يحتوى الكثير من ملخصات وبحوث وتقارير بجميع المجالات وكلها جاهزة للطباعة والنسخ … كما يحتوي محرك بحث يسهل عليك عملية إستخراج المعلومة بسهولة ويسر .




[ تعرٌف على ] تنبؤ بوظيفة البروتين

اقرأ ايضا

-
[ دليل الشارقة الامارات ] وادي الكنز لتجارة قطع غيار السيارات المستعملة ... الشارقة
- [ تأمين السعودية ] شركة نتالى
- [ مدارس السعودية ] مدارس مناهل التربية الابتدائيه الأهلية
- [ شركات طبية السعودية ] شركة النهدي الطبيه ... جدة
- [ وسطاء عقاريين السعودية ] محمد احمد صالح الزهراني ... الخضراء ... منطقة مكة المكرمة
- [ تعرٌف على ] متلازمة سوير–جيمس
- [ مؤسسات البحرين ] اسبانا لانشطة المتعلقة بخدمة و صيانة تجميل المواقع ... المنطقة الجنوبية
- [ دليل دبي الامارات ] صالون زهرة النهدة للرجال ... دبي
- [ دليل دبي الامارات ] ملكة خالد محمد لتجارة اللحوم الطازجة والمبرد ... دبي
- [ حكمــــــة ] عن الحسن قال : « كان أهل قرية قد وسع الله عز وجل عليهم في الرزق ، حتى جعلوا يستنجون بالخبز ، فبعث الله عز وجل عليهم الجوع حتى جعلوا يأكلون ما يقعدون »
- [ خذها قاعدة ] وأنا الغريب تعبت من صفتي. - محمود درويش
- [ تجميل صالونات الامارات ] صالون النضارة للسيدات
- [ مصطلحات طبية ] 5 استخدامات لدواء سبترين دى اس مضاد حيوي
- [ مقاولون السعودية ] مؤسسة بن عميرة للمقاولات
- [ تعرٌف على ] قابلية التحكم
آخر تحديث منذ 8 يوم
30 مشاهدة

عناصر الموضوع

تم النشر اليوم 2024/06/22 | تنبؤ بوظيفة البروتين

طرق التنبؤ الوظيفي

أساليب قائمة على التماثل
محاذاة تسلسل متعددة
عادةً ما تكون البروتينات متشابهة التسلسل متماثلة وبالتالي لها وظيفة مماثلة، ومن ثم فإن البروتينات الموجودة في جينوم متسلسل حديثاً يتم وصفها بشكل روتيني باستخدام تسلسلات من بروتينات مماثلة في جينومات ذات صلة. ومع ذلك فإن البروتينات وثيقة الصلة لا تتشارك دائماً في نفس الوظيفة. على سبيل المثال، بروتينات الخميرة Gal1 و Gal9 هي paralogs (مطابقة 73% ومتشابهة 92%) التي طورت وظائف مختلفة جداً مع Gal1 كونها galactokinase و Gal3 عبارة عن محفز نسخي. لا توجد سلسلة -متشابهة ثابتة للتنبؤ الوظيفي «الآمن»؛ العديد من البروتينات ذات تشابه تسلسلي بالكاد يمكن كشف ان لها نفس الوظيفة في حين أن البعض الآخر (مثل Gal1 و Gal3) متشابهة إلى حد كبير ولكنها طورت وظائف مختلفة. وكقاعدة عامة، عادة ما تعتبر التتابعات التي تكون أكثر من 30%-40% متطابقة ذات الوظيفة نفسها أو وظيفة مشابهة جداً. بالنسبة للإنزيمات، تكون التنبؤات الخاصة بالوظائف المحددة صعبة للغاية، حيث انها تحتاج فقط إلى عدد قليل من الوحدات البنائية الاساسية في موقعها النشط، وبالتالي فإن التسلسلات المختلفة جداً يمكن أن يكون لها أنشطة مشابهة جداً. على النقيض من ذلك، حتى مع وجود تسلسل متطابق 70% أو أكثر، فإن 10% من أي زوج من الانزيمات لها ركائز مختلفة؛ والاختلافات في التفاعلات الانزيمية الفعلية ليست غير شائعة بالنسبة ل 50% من تطابق التسلسل. أساليب قائمة على التتابع
يسمح لنا تطوير قواعد بيانات المجال البروتيني مثلPfam(قاعدة بيانات عائلة البروتينات) بإيجاد مجالات معروفة ضمن تسلسل استعلامات، وتقديم الدليل على الوظائف المحتملة، يحتوي موقع dcGO على شروح لكل من المجالات الفردية والمجالات العليا (أي مجموعة من مجالين متعاقبين أو أكثر)، وبالتالي عبر توقع DCGO مما يسمح بتنبؤات الوظيفة بطريقة أكثر واقعية.ضمن مجالات البروتين، فإن التوقعات الأفصر المعروفة باسم «الزخارف» ترتبط بوظائف معينة، وقواعد البيانات المتميزة مثل PROSITE («قاعدة بيانات المجالات البروتينية والعائلات والمواقع الوظيفية») يمكن البحث فيها باستخدام تسلسل استعلامات. يمكن استخدام الزخارف، على سبيل المثال، للتنبؤ بتوطين بروتين خلوي (حيث يتم إرسال البروتين في الخلية بعد تركيبه). توجه الببتيدات ذات الإشارة القصيرة بروتينات معينة إلى موقع معين مثل الميتوكندريا، وتوجد أدوات مختلفة للتنبؤ بهذه الاشارات في تسلسل البروتين. على سبيل المثال، تم تحسينSignalP. الذي تم تحديث اساليبه عدة مرات. وبالتالي يمكن التنبؤ بجانب وظيفة البروتين دون المقارنة مع متواليات بروتينية متجانسة كاملة الطول. الأساليب القائمة على البنية
محاذاة البروتينات السامة الريسين وأبرين. يمكن استخدام محاذاة هيكلية لتحديد ما إذا كان للبروتينين وظائف متشابهة حتى لو اختلفت تتابعاتهما.
نظراً لأن بنية البروتين ثلاثي الأبعاد تتم المحافظة عليها بشكل جيد أكثر من تسلسل البروتين، فإن التشابه الهيكلي هو مؤشر جيد لوظيفة مماثلة في اثنين أو أكثر من البروتينات. تم تطوير العديد من البرامج لفحص بنية بروتينية مجهولة ضد بنك معلومات البروتين وتقديم تقرير عن هياكل مماثلة (على سبيل المثال FATCAT، Flexible structure AlignmenT by Chaining AFPs (Aligned Fragment Pairs) with Twists، التمدد الاندماجي CE، و Deepalign لمحاذاة هيكل البروتين وراء القرب المكاني. للتعامل مع الوضع الذي لا يحتوي على العديد من متواليات البروتين لها هياكل لحلها، يتم تطوير بعض خوادم التنبؤ الوظيفية مثل RaptorX التي يمكنها أولاً التنبؤ بالنموذج ثلاثي الابعاد للتسلسل ثم استخدام اسلوب يستند إلى بنية للتنبؤ بالوظائف استناداً إلى نموذج 3D المنشأ به. في العديد من الحالات؛ بدلاً من هيكل البروتين بالكامل، يمكن استهداف البنية ثلاثية الابعاد لمفهوم معين يمثل موقعاً نشطاً أو موقع ربط، طريقة SALSA طورت من قبل ماري جو اونديرشين وطلابها.الخصائص الكيميائية المحسوسة للاحماض الامينية الفردية لتحديد المواقع النشطة كيميائياً حيوياً. وقد تم تطوير قواعد البيانات مثل أطلس الموقع التحفيزي والتي يمكن البحث فيها باستخدام تسلسلات برة تينية جديدة للتنبؤ بمواقع وظيفية محددة. الأساليب الجينية المستندة إلى السياق
لا تعتمد العديد من الطرق الاحدث لتنبؤ وظيفة البرتين على مقارنة التسلسل أو التركيب كما هو مذكور اعلاه، ولكن على نوع الارتباط بين الجينات/البروتينات الجديدة وتلك التي تحتوي بالفعل على شروح. تعرف هذه بالتنميط الجيني الذي يعرف أيضا بالتنميط التكويني على الملاحظة التي تشير إلى ان اثنين أو أكثر من البروتينات التي لها نفس نمط الوجود أو الغياب في العديد من الجينومات المختلفة يكون لها على الارجح ارتباط وظيفي. في حين انه يمكن استخدام اساليب قائمة على التماثل لتحديد الوظائف الجزيئية للبروتين، يمكن استخدام المناهج المستنة إلى السياق للتنبؤ بالوظيفة الخلوية، أو العملية البيولوجية التي يعمل فيها البروتين. على سبيل المثال، من المرجح أن تشارك البروتينات التي تشارك في نفس مسار نقل الإشارة في سياق جينومي عبر جميع الانواع.

شرح مبسط

التنبؤ بوظيفة البروتين (بالإنجليزية: Protein function prediction)‏ هي طرق يستخدمها الباحثون في المعلوماتية الحيوية لتعيين أدوار بيولوجية أو كيميائية حيوية للبروتينات.هذه البروتينات عادة ما تكون غير مدروسة أو متوقعة بناءاً على بيانات التسلسل الجينومي. وكثيراً ما تكون هذه التنبؤات مدفوعة بالغالب بإجراءات حسابية مكثفة للبيانات.قد تأتي المعلومات منتماثلالتسلسل للحمض النووي، وخصائصالتعبير الجيني، وهيكل المجال البروتيني، وتعدين النصوص للمنشورات، خصائص النشوء، الخاصية المظهرية والتفاعل بين البروتين والبروتين. وظيفة البروتين هي مصطلح واسع: تتنوع ادوار البروتينات من التحفيز للتفاعلات الكيميائية الحيوية إلى نقل الاشارة، وقد يلعب بروتين واحد دوراً في عمليات متعددة أو مسارات خلوية.[1]

اعلانات


شاركنا تقييمك




اقرأ ايضا

- [ وسطاء عقاريين السعودية ] رغد محمد عبدالله العمري ... الدمام ... المنطقة الشرقية
- [ صيانة و خدمات المباني قطر ] مؤسسة التطور للتجارة والخدمات
- [ وسطاء عقاريين السعودية ] أمل سلطان ناهس الدلبحي ... الرياض ... منطقة الرياض
- [ تعرٌف على ] برج الظلام 3: الأراضي اليباب (رواية)
- [ خذها قاعدة ] وحدك تعتقد ان التاريخ جالس مثل ملائكة الخير والشر على جانبينا ليسجل انتصاراتنا الصغيرة والمجهولة او كبواتنا وسقوطنا المفاجىء نحو الاسفل ولكن التاريخ لم يعد يكتب شيئا انه يمحو فقط. - احلام مستغانمي
- [ مؤسسات البحرين ] الصنوبرية لبيع اللحوم الطازجة ... المنطقة الشمالية
- [ تعرٌف على ] كاكوديل
- [ متاجر السعودية ] حناء روز ... ينبع ... منطقة المدينة المنورة
- [ شركات تكنولوجيا المعلومات قطر ] الغزال لتكنولوجيا المعلومات ... الدوحة
- [ وسطاء عقاريين السعودية ] نشمي عوض عويهان الحربي ... المدينه المنوره ... منطقة المدينة المنورة
- [ دليل أبوظبي الامارات ] واحة الصحراء لتجارة مواد البناء ذ م م ... أبوظبي
- [ مطاعم الامارات ] مطعم كلاسيك ... دبي
- [ وسطاء عقاريين السعودية ] نجوى يوسف قاسم غداف ... المدينه المنوره ... منطقة المدينة المنورة
- [ مطاعم الامارات ] دجاج تكساس ... دبي
- [ مؤسسات البحرين ] مركز هاله للخضروات والفواكه ... منامة
 
اعلانات
شاركنا رأيك بالموضوع
التعليقات

لم يعلق احد حتى الآن .. كن اول من يعلق بالضغط هنا

أقسام شبكة بحوث وتقارير ومعلومات دليل خدمات البحرين و عملت لخدمة الزائر ليسهل عليه تصفح الموقع بسلاسة وأخذ المعلومات تصفح هذا الموضوع [ مؤسسات البحرين ] مركز هاله للخضروات والفواكه … منامة ويمكنك مراسلتنا في حال الملاحظات او التعديل او الإضافة او طلب حذف الموضوع ...آخر تعديل اليوم 2024/06/22




تواصل معنا
اعلانات