تم النشر اليوم 2024/06/15 | جينبنك

التاريخ

قام والتر غواد من مجموعة البيولوجيا النظرية والفيزياء الحيوية في مختبر لوس ألاموس الوطني وآخرون بإنشاء قاعدة بيانات تسلسل لوس ألاموس في عام 1979، والتي بلغت ذروتها في عام 1982 بإنشاء جينبنك العام. تم توفير التمويل من قبل معاهد الصحة الوطنية، ومؤسسة العلوم الوطنية، ووزارة الطاقة، ووزارة الدفاع. تعاون LANL في جينبنك مع شركة بولت وبرانيك ونيومان، وبحلول نهاية عام 1983 تم تخزين أكثر من 2000 تسلسل فيه. في منتصف الثمانينيات، أدارت شركة المعلوماتية الحيوية الاستعلامية في جامعة ستانفورد مشروع جينبنك بالتعاون مع LANL. كواحد من أقدم مشاريع مجتمع المعلوماتية الحيوية على الإنترنت، بدأ مشروع جينبنك مجموعات أخبار BIOSCI / Bionet لتعزيز اتصالات الوصول المفتوح بين علماء الأحياء الحيوية. خلال عام 1989 إلى عام 1992، انتقل مشروع جينبنك إلى المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية المنشأ حديثًا. جينبنك وEMBL: تسلسل النوكليوتيدات1986/1987 المجلدات من الأول إلى السابع.
قرص مدمج من جينبنك v100

تعريفات غير مكتملة

قواعد البيانات العامة التي يمكن البحث فيها باستخدام أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية (NCBI BLAST) التي يستخدمها المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، تفتقر إلى تسلسل مراجعة النظراء لسلالات النوع وتسلسل السلالات غير النوعية. من ناحية أخرى، في حين يحتمل أن تحتوي قواعد البيانات التجارية على بيانات تسلسل مفلترة عالية الجودة، هناك عدد محدود من التسلسلات المرجعية. قيمت ورقة نشرت في مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية نتائج تسلسل الجينات 16S rRNA التي تم تحليلها مع جينبنك بالاقتران مع قواعد البيانات العامة الأخرى المتاحة مجانًا والتي يتم التحكم فيها بالجودة على الويب، مثل EzTaxon -e (و BIBI (قواعد بيانات / bibi / ). أظهرت النتائج أن التحليلات التي أجريت باستخدام جينبنك مع EzTaxon -e (kappa = 0.79) كانت أكثر تمييزية من استخدام جينبنك (kappa = 0.66) أو قواعد البيانات الأخرى وحدها.

نمو

النمو في أزواج قاعدة جينبنك، من 1982 إلى 2018، على نطاق شبه لوغاريمي
تشير ملاحظات إصدار جينبنك للإصدار 162.0 (أكتوبر 2007) إلى أنه «من عام 1982 حتى الوقت الحاضر، تضاعف عدد القواعد في جينبنك تقريبًا كل 18 شهرًا». اعتبارًا من 15يونيو2019(2019-06-15)[تحديث]، إصدار جينبنك 232.0 يحتوي على 213,383,758 موقعًا، 329,835,282,370 قاعدة، من 213,383,758 تسلسلًا تم الإبلاغ عنه. تتضمن قاعدة بيانات جينبنك مجموعات بيانات إضافية يتم إنشاؤها ميكانيكيًا من جمع بيانات التسلسل الرئيسي، وبالتالي يتم استبعادها من هذا العدد.
أعلى الكائنات الحية في جينبنك (الإصدار 191)
كائن حي قاعده ازواج
الانسان العاقل 7010163107741870000♠16٬310٬774٬187
فأر المنازل 7009997497788900000♠9٬974٬977٬889
الجرذ النرويجي 7009652125327200000♠6٬521٬253٬272
البقر 7009538625845500000♠5٬386٬258٬455
نبات الذرة 7009506273105700000♠5٬062٬731٬057
خنزير بري 7009488786186000000♠4٬887٬861٬860
دانيو مخطط 7009312085746200000♠3٬120٬857٬462
Strongylocentrotus purpuratus 7009143523653400000♠1٬435٬236٬534
مكاك ريسوسي 7009125620310100000♠1٬256٬203٬101
أرز أسيوي 7009125568657300000♠1٬255٬686٬573
تبغ ذائع 7009119735781100000♠1٬197٬357٬811
قيطم مداري 7009124993861100000♠1٬249٬938٬611
ذبابة فاكهة شائعة 7009111996522000000♠1٬119٬965٬220
شيمبانزي شائع 7009100832329200000♠1٬008٬323٬292
رشاد أذن الفأر 7009114422661600000♠1٬144٬226٬616
كلب 7008951238343000000♠951٬238٬343
كرمة نبيذية 7008999010073000000♠999٬010٬073
دجاج الأدغال الأحمر 7008899631338000000♠899٬631٬338
فول الصويا 7008906638854000000♠906٬638٬854
قمح طري 7008898689329000000♠898٬689٬329

التقديمات

يمكن إرسال التسلسلات الأصلية فقط إلى جينبنك. يتم تقديم الطلبات المباشرة إلى جينبنك باستخدام BankIt، وهو نموذج مستند إلى الويب، أو برنامج التقديم المستقل، Sequin. عند استلام تقديم التسلسل، يقوم موظفو جينبنك بفحص أصالة البيانات وتعيين رقم انضمام للتسلسل وإجراء فحوصات ضمان الجودة. تصدر بعد ذلك التقديمات إلى قاعدة البيانات العامة، حيث يمكن استردادها عن طريق أنتريه أو تنزيلها بواسطة بروتوكول نقل الملفات. المقدمة الأكبر من تسلسل وسم معبر عنه (EST)، موقع-التسلسل الموسوم (STS)، الجينوم المسح تسلسل (الشاباك)، وعالية الإنتاجية الجينوم تسلسل وغالبا ما قدمت بيانات (HTGS) من خلال مراكز التسلسل على نطاق واسع. تقوم مجموعة عمليات الإرسال المباشر لـ جينبنك أيضًا بمعالجة تسلسل الجينوم الميكروبي الكامل.

شرح مبسط

جينبنك أو بنك الجينات (بالإنجليزية: GenBank)‏هي قاعدة بيانات تسلسل ذات وصول مفتوح، ومجموعة مشروحة من جميع تسلسلات النيوكليوتيد المتاحة للعامة وترجمات البروتين الخاصة بها. يُنتج ويصون المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI؛ جزء من المعاهد الصحة الوطنية في الولايات المتحدة ) قاعدة البيانات كجزء من التعاون الدولي لقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيد (INSDC).