تم النشر اليوم 2024/06/06 | بنك الجينات

التاريخ

أنشأ والتر جواد من مجموعة البيولوجيا النظرية والفيزياء الحيوية في مختبر لوس ألاموس الوطني وآخرين قاعدة بيانات التسلسل لوس ألاموس (LANL) في عام 1979، والتي بلغت ذروتها في عام 1982 مع إنشاء بنك الجينات العام. تم تقديم التمويل من قبل المعاهد الوطنية للصحة، والمؤسسة الوطنية للعلوم، ووزارة الطاقة، ووزارة الدفاع. تعاونت LANL على بنك الجينات مع شركة Bolt وBeranek وNewman، ذلك وبحلول نهاية عام 1983 تم تخزين أكثر من 2000 تسلسل فيه. في منتصف الثمانينيات من القرن الماضي، أدارت شركة Intelligenetics للمعلوماتية الحيوية بجامعة ستانفورد مشروع بنك الجينات بالتعاون مع LANL. كأحد أقدم مشاريع مجتمع المعلوماتية الحيوية على الإنترنت، بدأ مشروع بنك الجينات مجموعات BIOSCI / Bionet الإخبارية لتشجيع الاتصالات المفتوحة الوصول بين علماء الأحياء. خلال الفترة من 1989 إلى 1992، انتقل مشروع بنك الجينات إلى المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية الذي تم إنشاؤه حديثًا. بنك الجينات وEMBL: تسلسل النيوكليوتيدات 1986/1987 المجلدات الأول إلى السابع.
قرص مدمج من بنك الجينات V100

تعريفات غير كاملة

تفتقر قواعد البيانات العامة التي يمكن البحث فيها باستخدام أداة البحث عن الموائمة المحلية الأساسية للمركز الوطني للمعلومات المتعلقة بالتكنولوجيا الحيوية (NCBI BLAST)، إلى استعراض التسلسل من قِبل النظراء لسلالات الأنواع وتسلسل السلالات غير النوعية. من ناحية أخرى، في حين أن قواعد البيانات التجارية يحتمل أن تحتوي على بيانات مصفاة متسلسلة عالية الجودة، إلا أن هناك عددًا محدودًا من المتسلسلات كمرجع. قامت ورقة صدرت في مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية بتقييم نتائج تسلسل الجينات لـ 16S rRNA التي تم تحليلها مع بنك الجينات بالاقتران مع قواعد البيانات العامة الأخرى المتاحة مجانًا والتي تتحكم في الجودة على شبكة الإنترنت، مثل EzTaxon -e (http: // eztaxon-e.ezbiocloud.net/) وقواعد بيانات BIBI (http://pbil.univ-lyon1.fr/bibi/). أظهرت النتائج أن التحليلات التي أجريت باستخدام بنك الجينات مع EzTaxon -e (kappa = 0.79) كانت أكثر تمييزًا من استخدام بنك الجينات (kappa = 0.66) أو قواعد البيانات الأخرى وحدها.

التطور

النمو في أزواج بنك الجينات الأساسية، من 1982 إلى 2018، على مقياس شبه السجل
تشير ملاحظات بنك الجينات للإصدار 162.0 (أكتوبر 2007) إلى أنه «من 1982 إلى الوقت الحاضر، تتضاعف عدد القواعد في بنك الجينات كل 18 شهرًا تقريبًا». اعتبارًا من 15يونيو2019(2019-06-15)[تحديث]، يحتوي بنك الجينات الإصدار 232.0 على 213,383,758 loci، 329,835,282,7070 من القواعد، من 213,383,758 تسلسل تم الإبلاغ عنه. تتضمن قاعدة بيانات بنك الجينات مجموعات بيانات إضافية يتم إنشاؤها آليًا من مجموعة بيانات التسلسل الرئيسية، وبالتالي يتم استبعادها من هذا العدد.
أهم الكائنات الحية في بنك الجينات (الإصدار 191)
كائن حي قاعده ازواج
الانسان العاقل 7010163107741870000♠16٬310٬774٬187
عضلات الفـأر 7009997497788900000♠9٬974٬977٬889
الجرذ النرويجي 7009652125327200000♠6٬521٬253٬272
الثور 7009538625845500000♠5٬386٬258٬455
زيا ميس 7009506273105700000♠5٬062٬731٬057
سوس scrofa 7009488786186000000♠4٬887٬861٬860
دانيو ريريو 7009312085746200000♠3٬120٬857٬462
Strongylocentrotus purpuratus 7009143523653400000♠1٬435٬236٬534
ماكاكا مولاتا 7009125620310100000♠1٬256٬203٬101
Oryza sativa Japonica Group 7009125568657300000♠1٬255٬686٬573
نيكوتيانا تاباكوم 7009119735781100000♠1٬197٬357٬811
Xenopus (Silurana) الاستوائية 7009124993861100000♠1٬249٬938٬611
ذبابة الفاكهة سوداء البطن 7009111996522000000♠1٬119٬965٬220
سكنة الكهوف القومية 7009100832329200000♠1٬008٬323٬292
نبات الأرابيدوبسيس thaliana 7009114422661600000♠1٬144٬226٬616
احد افراد اسرة الكلب، ذئب 7008951238343000000♠951٬238٬343
كرمة العنب الأوروبي 7008999010073000000♠999٬010٬073
جالوس جالوس 7008899631338000000♠899٬631٬338
جليكاين ماكس 7008906638854000000♠906٬638٬854
قمح 7008898689329000000♠898٬689٬329

المقدمة

يمكن تقديم التسلسلات الأصلية فقط إلى بنك الجينات. يتم إرسال التقديمات المباشرة إلى بنك الجينات باستخدام BankIt، وهو نموذج قائم على الإنترنت، أو برنامج التقديم القائم بذاته، Sequin. عند استلام التقديم التسلسلي، يقوم موظفو بنك الجينات بفحص أصالة البيانات ويعيين رقم وصول إلى التسلسل وإجراء اختبارات لضمان الجودة. ثم يتم تحرير التقديمات إلى قاعدة البيانات العامة، حيث يمكن استرجاع المدخلات بواسطة Entrez أو يمكن تنزيلها بواسطة FTP. يتم تقديم الجزء الأكبر لعلامة التسلسل المعبر عنها (EST)، موقع تسلسل الملحقات (STS)، تسلسل مسح الجينوم (GSS)، وتسلسل الإنتاجية العالية للجينوم (HTGS) وغالبا ما قدمت بيانات من خلال مراكز التسلسل على نطاق واسع. تقوم مجموعة التقديمات المباشرة من بنك الجينات أيضا بمعالجة تسلسل الجينوم الكامل للميكروبات.

شرح مبسط

قاعدة تسلسل البيانات بنك الجينات عبارة عن مجموعة مفتوحة الوصول لجميع تسلسلات النيوكليوتيد المتاحة للجمهور وترجمات البروتين. يتم إنتاج قاعدة البيانات هذه وصيانتها من قِبل المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI)، وهو جزء من المعاهد الوطنية للصحة في الولايات المتحدة) كجزء من التعاون الدولي لقواعد بيانات تسلسل النوكليوتيدات (INSDC).